A középiskolás, vidéki Miyamizu-szentélyben élő Mitsuha rádöbben, hogy egy ideje már nem ura önmagának, sőt napok esnek ki az emlékezetéből. Családja és barátai szerint ezekben az időszakokban nagyon fura: a saját mellét tapogatva ébred, nem hallgat a nevére, botrányosan viselkedik. Ugyanakkor a falujából elvágyódó lány időről időre egy hasonló korú, Taki nevű, tokiói fiú testében ébred fel. Taki ezekben az időszakokban pedig Mitsuha testébe kerül. Mivel a szerepcserék kontrollálatlanul jelentkeznek, ezért a két fiatal üzeneteket hagy egymásnak, pl. a saját testükön, vagy éppen mobiljaikban. Hogy megóvják egymás életvitelét, szabályokat fektetnek le és próbálják azokat betartani, dacára a serdülőkor összes nyűgének és bajának, míg összeköti őket a Musubi. És hogy mi is az? Egyfajta – általános ezoterikus értelemben vett – isteni erő, mely összekapcsolja és összefonja a világ dolgait. Néha akár embereket is. A Kimi no na wa egén pedig végig jelen van az 1200 évente visszatérő Tiamat üstökös, melynek köze van egy elhárítandó katasztrófához, ezáltal pedig Taki-hoz és Mitsuha-hoz egyaránt.